Pusat Unggulan IPTEKS (PUI) Kajian Ilmu Pendidikan UNY diinisiasi sejak tahun 2022 dengan pertimbangan untuk mendukung terealisasinya visi UNY dan menyediakan lembaga yang mengkaji landasan atau fondasi ilmu pendidikan, seperti: landasan filsafat, sosiaologi, antropologi, psikologi untuk memperkuat kompetensi pedagogik dan profesional Dosen dan Mahasiswa calon pendidik dan tenaga kependidikan. Pendirian Pusat Unggulan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi Perguruan Tinggi Universitas Negeri Yogyakarta berdasarkan pada Keputusan Rektor UNY Nomor 264.3/UN34/I/2022. Selanjutnya, untuk mendukung pelaksanaan kegiatan PUI Kajian Ilmu Pendidikan UNY memiliki kekuatan hukum berdasarkan Surat keputusan Rektor UNY Nomor. 301.2/UN34/I/2025 tentang Tim Pusat Unggulan IPEKS (PUI) UNY.